Die Abteilung Zivilschutz stellt die dem Kanton zugewiesenen Aufgaben im Bereich Zivilschutz sicher. Der Zivilschutz ist heute nicht mehr primär auf kriegerische Ereignisse, sondern vielmehr auf die Bewältigung von Katastrophen und Notlagen sowie auf Einsätze zugunsten der Gemeinschaft ausgerichtet. Der zentrale Standort befindet sich im Ausbildungszentrum Sempach.
Der Zivilschutz im Kanton Luzern ist in drei regionale Zivilschutzorganisationen (ZSO) aufgeteilt. Die Organisationen werden durch die Zivilschutzkommandos geführt. Das Kommando ist einer Zivilschutzkommission, in dem die Gemeinden vertreten sind, unterstellt.
Ergänzend unterstützt eine kantonale Einsatzformation (KAFOLU) die Regionen und deckt folgende Spezialaufträge ab: "Seuchenbekämpfung", "Notstromversorgung Polycom", "Unterhalt Kommandoposten KFS", "Führungsunterstützung KFS", "Notfallpsychologische Betreuung (Care Team Luzern)" und "Medizinische Erstversorgung bei Notlagen (Notfallärzte)".
Die ZSO sind ein Einsatzmittel und können durch die Kommandos der ZSO, die Dienststelle Militär, Zivilschutz und Justizvollzug (MZJ), den Kantonalen Führungsstab (KFS) und die Partnerorganisationen zu Katastrophen- und Notlageeinsätzen direkt aufgeboten werden. Der Kernauftrag der ZSO umfasst den Schutz der Bevölkerung und der Kulturgüter, die Unterstützung der Führungsorgane und der Partnerorganisationen sowie Instandstellungsarbeiten und Einsätze zugunsten der Gemeinschaft (EzG).